• Comunidad científica y académica local, nacional e internacional.
• Decisores de política.
• Población urbana y rural; comunidades indígenas
• Destinatarios de los Programas de Investigación de Ecosistemas Terrestres y Acuáticos.

El PBIO desarrolla la investigación básica y estratégica a través de las siguientes líneas:

• Documentación, transmisión y conservación de la cultura y las lenguas aborígenes: Diversidad sociocultural de la Amazonía peruana.
• Documentación del conocimiento ancestral asociado a la diversidad biológica: Etnobotánica, etnozoología, etnofarmacología.
• Prospección, colección, caracterización, evaluación y selección de especies de interés científico y/o económico: Frutales amazónicos, plantas medicinales.
• Inventarios de diversidad biológica en áreas seleccionadas para la conservación y el ecoturismo. Taxonomía, ecología y planes de manejo.
• Bioprospección y desarrollo de Productos naturales: Química de productos naturales, pruebas biológicas.
• Biología y Genética molecular: Genetica de poblaciones, filogenia, expresión de genes.
• Educación ambiental: Innovación curricular, practicas vivenciales
• Registro de sistemas de producción, variedades locales y conservación participativa de plantas cultivadas: Agrobiodiversidad Manejo integrado de plagas de cultivos amazónicos: Entomología agrícola.

• Conocimientos clave para dar soporte técnico científico a bionegocios: camu camu, paiche, gamitana, ecoturismo, jebe, castaña, orquídeas y sacha inchi, entre otros.
• Conocimientos clave que sustenten la conservación de la diversidad biológica y cultural en: Reserva Nacional Allpahuayo – Mishana, Pucacuro y Corredor Nor Oriental, entre otros.
• Centro de referencia en biotecnología y bioprospección por capacidad instalada, capacidad humana y resultados iniciales de soporte al manejo y conservación de recursos clave de la biodiversidad (paiche, camu camu, grandes bagres, jebe, castaña, orquídeas, plantas medicinales, alimentos funcionales, insumos industriales).

• Expediente técnico para creación y categorización de la Reserva Nacional Allpahuayo-Mishana.
• Expediente técnico para el establecimiento de las Reservas Comunales Pucacuro y Alto Nanay.
• Mejoramiento genético de papayo (Carica papaya) y cocona (Solanum sessiliflorum).
• Selección de germoplasma de uvilla (Pourouma cecropiifolia); y macambo (Theobroma bicolor) en base al rendimiento de pulpa, semilla y contenido de azúcares.
• Identificación, biología, ecología y control de plagas del camu-camu (Myrciaria dubia) y aguaje (Mauritia flexuosa).
• Filogeografía de dos especies de peces amazónicos, de interés económico: dorado (Brachyplatystoma rousseauxii) y boquichico (Prochilodus nigricans).
• Determinación de la capacidad antioxidante de 30 frutales amazónicos.
• Determinación de la estructura química de dos nuevos alcaloides de Geissospermum reticulatum.
• Identificación de seis alcaloides del tipo quinina para Remijia peruviana y dos del tipo aspidospermina para Aspidosperma rigidium.
• Identidad cultural y documentación de las lenguas bora, resigaro, huitoto y ocaina.
• Conservación e incremento de la diversidad y variabilidad de cultivos nativos, en parcelas de producción tradicionales en seis comunidades ribereñas.