Con base a los resultados obtenidos en el proceso de ZEE, a continuación se presentan algunas recomendaciones para el proceso de ordenamiento territorial del área de influencia de la carretera Iquitos-Nauta:

Las zonas más propicias para desarrollar proyectos de carácter productivo en base a cultivos permanentes, usando de preferencia sistemas agroforestales, por su magnitud y continuidad espacial, se localizan principalmente en la faja comprendida entre el eje de la carretera Iquitos-Nauta y el río Itaya (entre los caseríos Varillal y Cahuide). Sobre el particular, cabe mencionar que estas zonas presentan fuertes limitaciones por la baja fertilidad natural de los suelos.  Así mismo, desde el punto de vista socioeconómico, las limitaciones para el uso adecuado de estas tierras están relacionadas, por un lado, con el bajo nivel de rentabilidad, limitaciones del mercado de Iquitos y la débil oferta de alternativas tecnológicas,  y por otro, con la precaria condición económica del morador que no permite realizar más inversiones que la de su propia mano de obra familiar y el débil conocimiento sobre el uso y manejo apropiado de estas tierras.

Las zonas más aptas para desarrollar proyectos de manejo forestal se localizan  principalmente en el margen derecho del eje de la carretera Iquitos-Nauta. En este sector se puede desarrollar una zona de producción forestal permanente de acuerdo a la legislación forestal.

Las zonas más adecuadas para el desarrollo de la piscicultura, por la característica del relieve, tipo de suelo y presencia de quebradas, están ubicadas en la mismas zonas identificadas para las actividades agropecuarias, entre el eje de la carretera Iquitos-Nauta y el río Itaya (entre los caseríos Varillal y Cahuide).

Se recomienda desarrollar un eje de desarrollo turístico teniendo como base al Parque de Quitococha, la Reserva Alpahuayo Mishana y la ciudad de Nauta, como punto de acceso a un sector de la Reserva Nacional Pacaya Samiria y al sector donde se forma el río Amazonas (unión del los ríos Marañón y Ucayali).

Se recomienda potenciar al eje recreacional de la carretera Iquitos-Nauta, con base al aprovechamiento adecuado  de las diversas quebradas y lagos existentes en esta zona.

Las actividades de explotación de canteras (arena cuarzosa y arcillas) deben ser normadas para evitar o mitigar problemas ambientales y conflictos con la conservación de los bosques de varillal.

Las zonas de expansión urbana, tanto de Iquitos como de Nauta, deben ser planificadas adecuadamente a fin de evitar problemas de crecimiento anárquico de estas ciudades. También se debe planificar y normar el desarrollo de los diversos centros poblados localizados en el eje de carretera, teniendo en consideración criterios ambientales y ecológicos. Nauta debe acondicionarse urbanamente para desempeñar nuevos roles, relacionados especialmente con las actividades recreacionales, punto de interconexión turística y de intercambio modal para el flujo de bienes y servicios.

La nueva infraestructura de carreteras sólo se debe localizar en la franja de producción agropecuaria con el propósito de articular tanto al aparato productivo como las poblaciones localizadas en el río Itaya y en el sector del río Amazonas a la altura de San Joaquín de Omaguas.

La zona de Cahuide, por su ubicación estratégica en el punto de intersección de la carretera Iquitos Nauta con el río Itaya, así como San Joaquín de Omaguas, tanto por su tradición histórica como  por su  posición estratégica en el río Amazonas, amerita un tratamiento especial desde el punto de vista de la interconexión carretera y del desarrollo urbano rural.

El lago Moronacocha requiere de un tratamiento especial para su recuperación, el cual debe incluir necesariamente la solución  del tratamiento final de las aguas servidas de la ciudad de Iquitos.

Existen algunos indicios sobre el potencial hidroenergético del río Itaya (zona aguas arriba de Cahuide) por la diferencia de nivel de cerca de 80 metros en puntos cercanos en el marco de un paisaje colinoso. Sin embargo se requiere de estudios de mayor detalle para determinar su viabilidad técnica, económica y ambiental.

En las zonas de recuperación se deben desarrollar los programas de reforestación, así como promover proyectos de agroforestería.

Se recomienda la categorización definitiva de la Zona Reservada Alpahuayo Mishana.

El proceso de titulación de tierras debe ser revisado con el propósito de compatibilizarlo con las áreas más propicias para el desarrollo agropecuario de la zona y evitar conflictos de uso.

Desarrollar un programa de monitoreo del proceso de deforestación y del uso de la tierra, con el propósito de definir políticas oportunas para la ocupación ordenada del espacio y prevenir problemas ambientales.

El desarrollo bioindustrial, con base en los productos de la biodiversidad local, se debe localizar preferentemente en las zonas de ampliación urbano industrial, tanto de la zona de Iquitos como de Nauta. Esto implica implementar proyectos de equipamiento de servicios de agua, desagüe y electricidad de estas zonas.

Elaborar y poner en ejecución un plan de ordenamiento territorial basado en la propuesta de ZEE, que responda a la visión de desarrollo (plan estratégico).

En zonas donde se desarrollarán proyectos de desarrollo es necesario realizar estudios de ZEE de mayor detalle.