El objetivo general del proyecto BIODAMAZ es la conservación y uso sostenible de la diversidad biológica amazónica para promover desarrollo sostenible y alivio a la pobreza a través de cumplimiento de su propósito de desarrollo de capacidades descentralizadas, instrumentos de gestión y metodologías de investigación para el manejo sostenible de la diversidad biológica. Se trabaja hacia el logro del objetivo general mediante la ejecución de tres componentes:

1. Componente 1: Fortalecimiento de la gestión ambiental regional;
2. Componente 2: Desarrollo de conocimiento sobre la Amazonía peruana;
3. Componente 3: Apoyo a la Reserva Nacional Allpahuayo-Mishana (RNAM) y al Jardín Botánico-Arboretum El Huayo (JBAH).