Los componentes 1 y 2 del proyecto BIODAMAZ se ejecutan en cuatro regiones de la Amazonía peruana: Loreto, Ucayali, San Martín y Madre de Dios. El ámbito de acción del componente 3 son dos áreas en las cercanías de la ciudad de Iquitos en la Región Loreto: Reserva Nacional Allpahuayo - Mishana y el Jardín Botánico-Arboretum El Huayo. Se apoyará el desarrollo de la Estrategia Regional de la Diversidad Biológica de la Región Amazonas.
La sede del proyecto está en la ciudad de Iquitos, en las instalaciones del IIAP.