El Instituto posee en la Amazonía peruana diversos centros de investigación para la ejecución de investigaciones en temas especializados, de acuerdo a para los ecosistemas amazónicos de mayor interés.
En esta página presentamos los contactos de interés de las respectivos centros de investigación. Para mayor información descriptiva, visite la página de cada centro. 

Centro de Investigación Quistococha Director: Salvador Tello Teléfono: (065) 210006  Correo electrónico: dirpea@iiap.org.pe Dirección del C.I.: Carretera Iquitos-Nauta, km 4.5, Quistococha, distrito de San Juan Bautista, Maynas, Loreto.

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Centro de Investigación Allpahuayo Administradora: Andrea Gonzales Teléfono: (065) 265515 - (065) 265516 anexo 131  Correo electrónico: allpahuayo@iiap.org.pe Dirección del C.I.: Carretera Iquitos-Nauta km 26.8. Distrito San Juan Bautista –Maynas - Loreto.

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Centro de Investigación Jenaro Herrera Encargada: Euridice Honorio Administrador: Ricardo Farroñay Teléfono - fax: (065) 265515 - (065) 265516 anexo 121 y 217  Correo electrónico: ehonorio@iiap.org.pe Dirección del C.I.: Distrito Jenaro Herrera – Provincia Requena (a orillas del río Ucayali), Loreto

Centro Experimental San Miguel  Encargado: Gustavo Torres  Teléfono: (065) 265515 - (065) 265516 anexo 121 Correo electrónico: gtorres@iiap.org.pe Dirección: 10 km de Iquitos, en la ribera del río Amazonas

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