Hace 5 ó 10 millones de años, debido al proceso de hundimiento de la Placa de Nazca por debajo de la Placa Sudamericana, se produjeron una serie de acontecimientos geológicos importantes, dentro de los cuales se reporta, por un lado, el levantamiento de la Cordillera Oriental y la Faja Subandina, y por otro, la división de la Cuenca amazónica en varias subcuencas de antearco, entre ellas la de Madre de Dios.

La evolución morfogenética de la cuenca Madre de Dios y territorios aledaños encierra cierta complejidad, debido a que en ella se oponen dos extensos territorios que se diferencian por su comportamiento morfoestructural. La primera, conformada por las elevaciones montañosas de la Cordillera Oriental-Faja Subandina, y la segunda, por la región depresionada que conforma el Llano Amazónico. Mientras el territorio cordillerano era afectado por la tectónica andina, con sus etapas de plegamiento y levantamiento, el llano amazónico sufría etapas de hundimiento y basculamiento por sobrecarga de sedimentos acumulados provenientes del occidente. En la actualidad estas acciones continúan en el mismo sentido pero con menor intensidad.
	Foto 3: Paisaje Típico de Montaña

Durante el Pleistoceno se han producido intensas oscilaciones climáticas que influenciaron en la región; presumiéndose que la primera etapa de glaciación produjo en terrenos del llano amazónico, situaciones paleogeográficas de sábana, donde las lluvias eran más estacionales (un probable remanente de ello son las Pampas del Heath de características morfológicas y climáticas particulares). Esto permitió que en algunos sectores del pie de monte andino se generen extensos Glacis. Posteriormente, las glaciaciones más modernas dieron lugar a situaciones parecidas aunque más breves. Los levantamientos epirogénicos débiles dieron lugar a fases de disección, conformándose los diferentes niveles de terrazas aluviales, así como el modelamiento de los sistemas colinosos.

Foto 4: Paisaje Típico de la Llanura Amazónica

En el Holoceno ocurre una gradual elevación de la temperatura atmosférica y la definición de las configuraciones selváticas amazónicas. Los procesos de erosión pluvial y disección del relieve disminuyen por la mayor cobertura boscosa del terreno, en tanto que los ríos aumentan su caudal, generándose un incremento de los socavamientos y erosión lateral, que se manifiestan en un ensanchamiento de los cauces.

El material rocoso de esta zona es de tipo sedimentario, cuyas edades van desde el Paleozoico inferior al Cuaternario reciente. Las unidades estratigráficas de mayor distribución son las Formaciones Madre de Dios (Cuaternario antiguo) e Iporuro (Terciario superior), que se extienden ampliamente en la región depresionada del departamento de Madre de Dios, le siguen en importancia los depósitos aluviales holocénicos (recientes) que se localizan a lo largo de los ríos. Existen diversos tipos de sedimentos más antiguos, compuestos generalmente por areniscas cuarzosas o feldespáticas, pizarras, lutitas, margas, calizas, lodolitas, arcillitas, conglomerados y otros materiales como gravas, arenas, limos y arcillas.

La Cordillera Oriental-Faja Subandina, ubicada entre 500 y 3,967 msnm, al Sur Oeste del departamento de Madre de Dios, se caracteriza por ser montañosa y colinosa, de relieve accidentado, conformado por pizarras, lutitas, calizas, areniscas y cuarcitas, donde los suelos son superficiales y de baja fertilidad natural. El clima en algunas zonas es Perhúmedo y en otras Húmedo, caracterizado por su alta precipitación, que varía entre 3,000 y 6,000 mm anuales. En la cima de la montaña la vegetación es achaparrada y densa y en algunas zonas se registran pajonales de puna, mientras que en las partes depresionadas los portes de los árboles son más grandes con rangos comerciales. En las zonas montañosas nacen algunos ríos como el Madre de Dios, Manu e Inambari. Los ríos son de cauce estrecho y torrentosos.

La Llanura de Madre de Dios es la más extensa y se desarrolla al este del alineamiento montañoso subandino entre 176 y 500 msnm. Se caracteriza por presentar un relieve suave y ondulado, donde predomina la planicie aluvial (complejo de orillares y terrazas) y colinas bajas. Litológicamente está constituida por areniscas, arcillitas y limolitas de edad terciaria y por arenas, limos, arcillas y conglomerados aluviales del cuaternario. Los suelos son profundos, siendo los de mayor fertilidad los aluviales inundables que reciben aportes de nutrientes en los sedimentos que son depositados durante la fase de creciente de los ríos. En esta unidad recorren en mayor extensión los ríos Madre de Dios, Manu e Inambari, así como el Malinowski y el Tambopata. En el sector de colinas altas nacen los ríos De las Piedras, De los Amigos y Tahuamanu, entre otros. El clima varía entre Húmedo y Subhúmedo, con precipitaciones que oscilan entre 1,500 y 3,000 mm anuales. En un sector del departamento, ubicado en la faja central, se registra déficit de agua en una época del año.

Foto 6: Vegetación de Pacal