A partir de esta etapa del proceso de Zonificación Ecológica Económica y de cara al ordenamiento territorial de la Región de Madre de Dios, la agenda pendiente, es la siguiente:

1. Difundir la propuesta de ZEE y preparar una nueva versión que incorpore las observaciones y sugerencias realizadas por los diversos actores sociales al presente documento, con el propósito de contar con una propuesta de ZEE concertada y consensuada, tanto a nivel regional como nacional.
   
2. Coordinar la formalización legal de la propuesta consensuada de la ZEE - Madre de Dios, en el marco de las normas complementarias que el CONAM viene gestionando para la implementación de la Art 11 de la Ley Orgánica para el Aprovechamiento de Sostenible de los Recursos Naturales.
   
3. Elaborar una propuesta de ordenamiento territorial, en el marco de una visón de desarrollo sostenible de la Región de Madre de Dios, teniendo como base a la zonificación ecológica económica.
   
4. En las áreas seleccionadas para la implementación de proyectos de desarrollo, se debe realizar una zonificación ecológica económica de mayor detalle, que responda a los objetivos de dichos proyectos.
   
5. Desarrollar un programa de educación ambiental, a nivel de las organizaciones sociales y en los diversos estamentos educativos, con el propósito de internalizar la propuesta de ZEE y de ordenamiento territorial.
   
6. Con el propósito de realizar el seguimiento del proceso de ocupación del territorio y del uso de los recursos naturales, se debe desarrollar un programa de monitoreo de los procesos de deforestación y descremación de los bosques, conflictos en el uso de la tierra y contaminación de los cuerpos de agua, entre otros.
   
7. Desarrollar estudios antropológicos en la zona de alta diversidad cultural y riesgo epidemiológico, con el objeto de evaluar el estado actual de las poblaciones voluntariamente aisladas.
   
8. Desarrollar una propuesta de estudios necesarios de recursos naturales y aspectos ambientales que permitan completar la información faltnate, detectada durante el presente estudio.
   
9. Presentar el estudio de la ZEE-Madre de Dios ante el TCA (Tratado de Cooperación Amazónica), como resultado de los avances en el proceso de aplicación de la Metodología de ZEE aparobada en Colombia, bajo los términos del Convenio TCA-BID. Asimismo como contribución el proceso de lograr una metodología regional consensuada de ZEE.